В 1488 году он вместе с другими мастерами участвовал в строительстве собора в Павии. Ему, несомненно, принадлежит идея создания купола, возведенного на трех нефах, с тем чтобы свести воедино весь пространственный объем здания.
Последним и наиболее значительным строительным предприятием Браманте в Милане является хор в церкви Санта-Мария делла Грацие, хотя здесь его идеи были плохо поняты торопливыми и недостаточно подготовленными исполнителями. Купол, опирающийся на высокий барабан, украшенный галереей со спаренными арками, чередующимися с пилястрами, возвышается над огромным кубом главного объема, стороны которого (за исключением той, которая ведет в главный неф) переходят внизу в широкие полукружия трех апсид. По замыслу зодчего стены служат тонкими перегородками между внутренним и внешним пространством. Создается впечатление, будто воздух, заключенный во внутренних помещениях, давит на оболочку стен и выходит наружу через многочисленные проемы. Монументальное сооружение как бы на глазах увеличивает свой объем. Оно облегчается большими окнами, которые разрежают внизу стену, а вверху – круговой лоджией барабана. Мелкие же украшения образуют складки на поверхностях, щедро обращенных к свету.
Между двумя крайностями Браманте не искал средних пропорциональных величин, а старался создать впечатление непрерывности перехода, используя для этого способность человеческого зрения переходить как это случается, например, при созерцании природных явлений, от большого к малому и от малого к большому. Для достижения такой непрерывности или возможности перехода от одной величины к другой Браманте стремился к унификации масс, к построению здания как единого природного организма. Это та же самая тема, которую Браманте развивал в миланских постройках и которую он последовательно реализовал в Риме при проектировании перестройки собора Святого Петра.
Оставив Милан в 1499 году после его захвата французами, Браманте обосновался в Риме. Он привез из Ломбардии кое-какие деньги, которые тратил с величайшей бережливостью, так как хотел жить независимо. Приступив к обмеру древних построек города, он вел жизнь уединенную и созерцательную. Прошло немного времени, и Браманте добился своей цели.
В Риме Браманте прожил до конца своих дней. Сначала он служил помощником архитектора при папе Александре VI. В 1503 году папой был избран Юлий II, и с того момента зодчий работал главным образом для него. Лишь изредка он предпринимал кратковременные поездки: в 1506—1507 годах в Болонью и Урбино, в 1508 году – в Чивитавеккиа, в 1509 году – в Лорето на строительство собора Святого Петра и перестройку ватиканских дворцов.
Вообще папа всячески ему благоволил Юлий II, отмечавший мастера и за личные качества, нашел его достойным должности хранителя свинцовой печати. В этом качестве Браманте соорудил прибор для наложения печати на папские буллы, действовавший при помощи очень искусно сделанного винта.
Перелом в стиле Браманте после его переезда в Рим не столь разителен, как это принято считать. Классическая культура Браманте сложилась в Урбино. Он долго работал в Ломбардии, где сильны были консервативные художественные традиции. Речь идет скорее о заключительном, венчающем все творчество этапе его гуманистической культуры, хотя и вдохновленном непосредственным контактом с античностью. В Милане он органически вписывал свои творения в позднеготическую ткань городской застройки, в Риме же он стремился сочетать их с подлинно историческим обликом города, каким он представлялся на основании древних руин и, разумеется, трактатов Витрувия. Но и тут он ставил перед собой скорее задачу воссоздания внешнего облика, чем выявления внутренней взаимосвязи. Главной своей целью он считал упрощение, очищение представления об античности, замутненного и искаженного в поздние времена, о чем свидетельствовали сохранившиеся документы.
В клуатре церкви Санта-Мария делла Паче (1500—1504), этом первом его римском творении, он говорит еще на языке своих ломбардских построек, но синтаксис его речи становится более римским. Вопреки всем строительным нормам он не удержался от искушения изменить светотеневое соотношение между двумя ярусами галерей, поставил над нижними арками дополнительные колонки, членящие лоджии второго яруса ради уменьшения эффекта их глубины. С точки зрения канонов статической структуры и пластической формы, это было абсурдно, с точки же зрения визуального равновесия светотеневых эффектов двух ярусов – необходимо.
В те же годы он строил капеллу, так называемый Темпьетто, при церкви Сан-Пьетро ин Монторио (завершена в 1502 году). Поскольку храм отличался миниатюрными размерами, то каких-либо особых строительных или инженерных проблем не возникало. Темпьетто играет роль исторического мемориала, так как построен он на месте, где якобы был распят святой Петр. Он имеет и символическое значение, ибо представляет собой церковь, основанную Петром. Для воплощения этой идеи, обоснованной историческим преданием, Браманте воссоздал на основе теории (Витрувия) и исторических свидетельств (руин) типологию классического центрического храма. Он, несомненно, стремился установить образец, канон, метод для строительства здания, которое исторически представлялось ему необходимым. Ведь речь шла о восстановлении исторического облика Рима как воплощения синтеза древней истории и христианского учения.
В самом деле, замысел, связанный с «исторической» реконструкцией Рима, недвусмысленно изложен в памятной записке, направленной папе Льву X. Ее, скорее всего, написал Рафаэль при непосредственном участии или, во всяком случае, в соответствии с идеями Браманте. Зодчему, несомненно, принадлежит также идея придать единообразие римскому градостроительству. Он сам разработал типовые образцы гражданских и церковных зданий. Построенный им для себя дом (1509), перешедший затем к Рафаэлю (рустованный нижний этаж и второй с окнами между сдвоенными колоннами), также представлял собой образец дома, пригодного как для отдельной постановки, так и для включения в состав улицы. В свою очередь Темпьетто – это типовой образец церковного здания, и он действительно послужил зародышем проекта, который Браманте положил в основу реконструкции собора Святого Петра в Ватикане.
Метод, который Браманте, отталкиваясь от Витрувия, применил при проектировании Темпьетто, состоит в перенесении какого-то одного модуля на всю композицию. В данном случае речь идет о перенесении идеи концентрических колец, восходящей к определенной формальной величине (колонне), с тем чтобы обеспечить пропорциональное соотношение между отдельными элементами и целым. Этот метод мог быть также применен и в масштабах города в качестве принципа соотношения отдельного здания с остальной застройкой. В самом деле, в Темпьетто легко проследить, как пластическая форма колонны гармонически переносится на круговой периптер, цилиндрический объем капеллы, балюстраду и полукруглый купол. Речь идет, однако, не о чисто числовой прогрессии, а о конкретных пластических формах. «Модуляции» подлежит, прежде всего, изменение светотени при переходе от легких стволов колонн к цилиндрическому объему капеллы, от свободной игры света и воздуха в балюстраде к сферичности купола. Маленькое здание задумано как центр «реального» пространства, о чем свидетельствует глубокий перспективный проем окон, наводящий на мысль о стягивании лучей к центральной оси: ведь храм строился как центр и ось вселенной, мира. Всякий попадавший в это идеальное место должен был проникнуться его центричностью, то есть понять, что здесь не только точка схода, но и исхода лучей бесконечного мирового пространства.
Современники Браманте, например Серлио, отмечали, что если перспективные проемы окон наводят на мысль о сходе пространственных лучей в пластическом ядре здания, то эффект их исхода изнутри достигается с помощью оптических приемов, которые создают представление о более обширном и высоком внутреннем помещении, чем это есть на самом деле.
Проект перестройки собора Святого Петра связан с проектом гробницы Юлия II, порученным Микеланджело, которая должна была быть поставлена под куполом, над гробницей Святого Петра в крипте собора. Известно, что Микеланджело позднее обвинил Браманте в том, что тот помешал осуществлению этого проекта, который был отклонен и воплощен в меньшем масштабе лишь в 1545 году. Действительно, Браманте не собирался строить архитектурную коробку для усыпальницы, а задумал здание, которое само по себе должно было приобрести то историческое и идеологическое значение, которое соответствовало «монументу», отвечавшему идеям Микеланджело.